Há demasiados tipos de medicamentos para dar uma recomendação geral.
Há certos medicamentos, como os que utilizam os ingredientes verde de malaquite ou formalina que são muito duros com invertebrados (caracóis, camarões) e são mais duros com peixes sem cabeça (peixe-gato, lombos) e peixes de água mole (tetras cardeais, carneiros azuis alemães, disco). Estes também são duros com as plantas. Eu desaconselharia o tratamento num aquário comunitário, a menos que se pense que o problema da raiz afecta todos os peixes e que os peixes são susceptíveis de o tolerar na dose necessária. Estes dois ingredientes podem matar as bactérias nitrificantes, mas podem não o ser.
Os antibióticos (canamicina, eritromicina, tetraciclina, outros) são geralmente melhor tolerados por uma maior variedade de criaturas e nas circunstâncias certas são relativamente seguros para serem aplicados em todo um aquário. Dito isto, alguns deles irão matar as bactérias nitrificantes, desclassificando assim o seu aquário e tornando provável que lide com picos de amoníaco persistentes que irão matar ou prejudicar gravemente os seus peixes. Pesquise cuidadosamente o ingrediente para avaliar o risco aqui.
O cobre é um ingrediente que pode ser muito eficaz para certas doenças mas que, mais uma vez, é resistente aos peixes sem escamas e, em geral, mata os peixes em caso de overdose. É absolutamente letal para os invertebrados e é difícil de remover do aquário. Mesmo os vestígios de tratamentos de há muito tempo atrás podem matar caracóis e camarões. Nunca aplicaria cobre a um aquário comunitário.
Existem alguns medicamentos antiparasitários, como o metronidazol e o praziquantel, que são muito suaves e não devem apresentar riscos graves num aquário comunitário. Eu ainda não os colocaria num aquário a menos que tivesse a certeza de que alguns dos peixes precisavam; não os colocaria num aquário como uma medida puramente preventiva.
Como regra geral, descubra quais são os ingredientes activos do medicamento, leia os avisos e recomendações do fabricante e depois pesquise os ingredientes individualmente para aprender com outros aquariofilistas e fontes.