É definitivamente possível cultivar plantas sem um substrato de solo.
Há mesmo um monte de plantas que não têm as suas raízes no solo, terá de as fixar a uma rocha ou a um pedaço de madeira. Por exemplo, um Anubias ou um Java Fern . Tenho ambos presos a um pedaço de madeira no meu tanque, e estão a crescer bem.
Para outras plantas depende um pouco do tamanho dos seixos que tem. No início é possível que tenha de as segurar com uma pedra, ou também prendê-las a algo para lhes dar a oportunidade de crescer as suas raízes à volta dos calhaus.
No entanto, as plantas não vão ajudar a resolver o problema do cocó dos peixes. Algumas delas serão provavelmente usadas, mas ainda terá de fazer a manutenção “normal” dos tanques de peixes (como mudanças de água). E para cultivar plantas com sucesso também vai precisar de usar fertilizante, e/ou ter bolas de barro perto das raízes.
Eu definitivamente recomendo adicionar plantas reais a um aquário de peixes, mas não acho que vá ajudar com o problema que está a tentar resolver.