Aviso O tipo de transportador retratado na pergunta pode não ser a escolha ideal para a protecção dos animais de companhia durante um acidente. A resposta seguinte é específica para o tipo de transportador na pergunta.
Após alguma investigação, parece haver apenas um grupo que testa portadores de animais de companhia em acidentes. (http://www.centerforpetsafety.org/) este é um grupo sem fins lucrativos que recebeu financiamento da Subaru. Não existem normas ou regulamentos e o nível de testes não é tão completo como o dos testes de acidentes humanos.
O actual nível de testes não tem a ver com a sobrevivência dos animais de companhia, mas sim com as caixas. Muitas das caixas testadas, partiram-se durante os testes. Com os animais de estimação que se despistaram total ou parcialmente ejectados.
Das duas posições para portadores na pergunta, o lado a lado parece oferecer mais protecção. Os animais de estimação que colidem com a porta de transporte durante um acidente tendem a ser ejectados. Além disso, os transportadores que não foram segurados firmemente ao assento parecem sofrer mais danos, pelo que a utilização do cinto de segurança tende a oferecer mais protecção.
Os transportadores apresentados na pergunta são populares devido ao seu custo relativamente baixo e à facilidade de limpeza. Existem vários fabricantes diferentes deste tipo de suporte, nem todos foram testados e existem vários resultados dos testados, alguns animais de estimação testados foram ejectados através do lado deste tipo de suporte!
Das duas escolhas na pergunta, lado a lado, a fixação com o cinto de segurança é melhor. Mas pode não ser a melhor solução possível. Existem muitas variáveis, incluindo o tamanho do animal de estimação. Neste momento não existe informação suficiente para concluir sobre lesões baseadas no posicionamento dos animais de estimação dentro do suporte, que não são ejectados. Um sumário mais completo está disponível aqui (2015 PDF)